С первых дней войны воевал на Брянском фронте в составе 244 ближнего бомбардировочного авиаполка.

Выполнил 17 боевых вылетов.

Совершая 18 вылет, был сбит истребителями противника. Перетянув линию фронта, Евгений Данилович при приземлении получил перелом голени левой ноги и ожог второй степени лица и рук.

В полку числился пропавшим без вести с 16 октября 1941г.

Находился на излечении в эвакогоспитале ЭГ 3074.

С марта 1942г. в составе 854 ближнего бомбардировочного авиаполка.

В 1942г. выполнил 7 успешных боевых вылетов. В групповом бою сбил истребитель Ме-109 (Мессершмитт).

Приказом от 16 января 1943г. командир звена лейтенант Жижко был награжден орденом Отечественной войны II степени.

К концу июня 1943г. совершил 51 боевой вылет на самолете Пе-2.

29 июня 1943г. на учениях 1 бомбардировочного авиакорпуса звено Евгения Даниловича выполнило бомбометание с пикирования на оценку «отлично».

Лейтенант Жижко был представлен к ордену Красной Звезды. Приказ о награждении от 03 июля 1943г.

05 июля 1943г. две группы Пе-2 (8 и 9 самолетов) в 07-25 вылетели на уничтожение войск противника в населенном пункте Казацкое (в 10км. западнее Белгорода). Прикрытие обеспечивали 11 истребителей Як-7. В 08-25 «пешки» атаковали вражеские танки и пехоту. Над целью были обстреляны сильным огнем зенитной артиллерии, атакованы истребителями противника. Экипаж: командир звена лейтенант Жижко Евгений Данилович, штурман звена лейтенант Степанов Александр Пантелеевич, воздушный стрелок-радист старшина Темирбулатов Ахмед с задания не вернулся.