Осенью 1939 года, когда Сергей учился на последнем курсе учительского института, получил повестку явиться на мед. комиссию в военкомат. Медицинскую комиссию прошел отлично, а на мандатной военком сказал: «Вам положена отсрочка». Сергей от нее отказался.

Итак поздней осенью 1939 года оказался в школе младших авиаспециалистов Краснознаменного Балтийского флота. 

После окончания школы был направлен в авиачасть, деслацированную в г. Таллин. Там и встретил Великую отечественную войну в качестве моториста боевого самолета и комсорга эскадрильи.

В июле 1941 года эскадрилья стояла на полевом аэродроме в 30-40 км от Таллина. В одну из сильнейших бомбежек летного поля был ранен в висок и правый глаз. Зрение на правый глаз почти полностью потерял (отрафирована сетчатка и вывих хрусталика). В Таллинском Военно-морском госпитале пролежал 18 суток и был демобилизован.

Но эвакуироваться было некуда – эскадрилья была отрезана от большой земли и прижата к Финскому заливу. Поэтому Сергей был оставлен в части.

21 августа 1941 года по приказу командования флот и наземные части оставили Таллин – начался поход флота из Таллина в Кронштадт. Враг обрушил все виды оружия. Гибли люди, гибли корабли. Но флот был спасен. Их часть расположилась в Кронштадте. Начались тяжелые за Ленинград. Трудно было с продовольствием. Настроение было неважное. Но когда они узнали, что 7 ноября на Красной площади состоялся военный парад – все повеселели, стали действовать увереннее, собраннее.

В октябре 1941 года Сергей Михайлович был принят в члены партии. В декабре 1941 года был направлен в Ленинградский эвакогоспиталь, где после сформирования команды демобилизованных, по «Дороге жизни» переправились через Ладогу. В родные места – в г. Солнечногорск прибыл вскоре после освобождения района от фашистских оккупантов.

Ранение, систематическое недоедание крепко подорвали здоровье. Только в январе 1942 года с большим трудом смог добраться из д. Осипово до горкома партии, чтобы встать на партийный учет. В конце зимы 1942 года гороно направил на работу в Солнечногорскую школу №5 в качестве учителя математики . Вскоре Сергей Михайлович получил первую награду: медаль «За оборону Ленинграда».