Возможно, окончил авиационное училище ГВФ (Гражданский воздушный флот).

В 1941г. призван по мобилизации.

Служил в 160 резервном авиаполку.

В 1942г. принят в ряды ВКП(б).

С января 1943г. на Брянском фронте в составе 279 ночного бомбардировочного авиаполка. Полк имел на вооружении самолеты СБ и Як-6. Выполнял задачи по бомбардировке войск противника, буксировке планеров, доставке грузов партизанским отрядам, действовавшим на территориях Калининской области и Белоруссии.

Полк базировался на аэродроме Старая Торопа.

21 марта экипаж младшего лейтенанта Ширкина бомбардировал противника в Кромы и Чувардино.

22 марта- в Комарычи.

26 марта- автоколонну в районе Кромы.

07 и 21 мая экипаж буксировал планеры А-7.

Полк участвовал в Курской битве, в освобождении Орла и Брянска. Базировался на аэродроме Белицы.

К августу 1943г. командир звена младший лейтенант Ширкин совершил 24 ночных боевых вылета. Приказом от 24 августа 1943г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

В ночь на 14 сентября полк 3 самолетами транспортировал вооружение и боеприпасы для 5 инженерной бригады в район Горново- Баляш. В районе Духовщина экипаж Ширкина был атакован ночным истребителем Ме-110 (Мессершмитт).

В октябре 1943г. полк был расформирован. Часть экипажей была переведена в 334 бомбардировочную авиадивизию.

В конце декабря 1943г. Илья Ильич прибыл в состав 454 бомбардировочного авиаполка. Полк имел на вооружении самолеты Ту-2.

К июню 1944г. полк перебазировался на Ленинградский фронт. Участвовал в бомбардировке железнодорожного узла Выборг и станции Перкярви.

С 01 июля на 3 Белорусском фронте полк бомбардировал мост и переправу на р.Западная Двина и станцию Минск-товарная, не дав возможности противнику эвакуировать 50 эшелонов с техникой. 

С 17 июля на 1 Прибалтийском фронте полк наносил удары по войскам противника; по железнодорожным станциям Малта, Митава, Мейтене, Оига, Полин; по аэродрому Эйзере. 

Приказом от 03 августа 1944г. заместитель командира эскадрильи лейтенант Ширкин был награжден орденом Красного Знамени. 

В 1945г. назначен командиром 2 эскадрильи 12 бомбардировочного авиаполка, той же, 334 бомбардировочной авиадивизии. Командир полка гвардии майор Кожевников Ванифатий Алексеевич.

Летал в экипаже со штурманом эскадрильи капитаном Лысенко Леонидом Ивановичем, воздушный стрелок сержант Куварзин Сергей Николаевич.

В начале марта перебазировался на аэродром Гросс Шиманен (в 8км. южнее Ортельсбург).

Весной 1945г. экипажи полка наносили удары по объектам противника в Кенигсберге, в портах Пиллау и Розенберг, по укреплениям в районе Хайлигенбайль и Данцига.

07 апреля экипаж старшего лейтенанта Ширкина выполнил разведку погоды по маршруту на Кенигсберг.

08 апреля в составе 8 самолетов Ту-2 бомбардировал опорный пункт противника в Кенигсберге (цель 69).

Вторым вылетом в составе девяти Ту-2 бомбардировал аэродром на территории кенигсбергского ипподрома.

С 16 апреля полк участвовал в Берлинской операции. Бомбардировал Берлин. 

16 апреля экипаж старшего лейтенанта Ширкина водил 5 самолетов эскадрильи в составе 18 самолетов полка на бомбардировку опорного пункта противника Либеникен.

Вторым вылетом- на бомбардировку опорного пункта противника Дидерсдорф.

17 апреля в составе девятки возвратился с маршрута из-за плохих метеоусловий.

20 апреля водил 5 самолетов эскадрильи в составе 18 самолетов полка на бомбардировку войск противника западнее Штеттина.

Вторым вылетом водил 4 самолета эскадрильи в составе 16 самолетов полка на бомбардировку опорного пункта Фюрстенвальде.

22 апреля водил 6 самолетов эскадрильи в составе 18 самолетов полка на бомбардировку центральной части Берлина.

25 апреля водил 7 самолетов эскадрильи в составе 18 самолетов полка на бомбардировку центральной части Берлина (цели 5 и 7).

За годы войны старший лейтенант Ширкин совершил 79 боевых вылетов. Приказом от 10 июля 1945г. был награжден орденом Красного Знамени.

До 05 августа 1945г. находился на излечении в эвакогоспитале ЭГ 283 (причина не указана).

Награжден медалями «За взятие Кенигсберга», «За взятие Берлина», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Уволен в запас 27 ноября 1945г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.