Во время Великой отечественной войны Александр Ильич участвует в боях под Пушкиным, Кингисеппом, Нарвой, Выборгом, участвует в прорыве блокады Ленинграда в качестве инструктора по агитации и пропаганде политотдела специальных частей Ленинградского фронта. О своих боевых годах майор А.И. Щербаков вспоминает в газетной заметке «Бой под Синявином», где повествует о подготовке операции по прорыву блокады. Из текста складывается зримый образ боевой работы бойцов и командиров по подготовке к боевой операции. Все на своих местах, проводится агитационная работа, проходят тренировки по преодолению препятствий и овладению важной высотой, которая является ключом к захвату позиций противника. Он демонстрирует слаженную работу по боевому настрою и подъему духа бойцов. Показывает на конкретных боевых ситуациях как начинается штурм, как солдаты и офицеры вступают в бой, переживают драматические события, теряют товарищей, но все же преодолевают остервенелое сопротивление врага и справляются с поставленной задачей. Сам он тоже находился в гуще этих событий. Завершил свой боевой путь Александр Ильич Щербаков в должности заместителя начальника по политической части Главной геофизической обсерватории Советской Армии. Его боевые заслуги отмечены Орденами Красной Звезды, Отечественной войны и многими медалями.