Был призван в армию в июле 1941 года из г. Курска. Служил в должности оперативного уполномоченного 686-го батальона аэродромного обслуживания с июля 1941 года.

На фронте,- в действующей армии с октября 1941 года. Будучи молодым работником в органах безопасности сумел правильно поставить чекисткую работу в батальоне, в резувльтате этого вскрыл и разоблачил за 1942 год 12 человек различного рода антисоветских элементов. За это был награжден медалью "За боевые заслуги".

Благодаря хорошо поставленной оперативной работе, за все время военных действий, в батальонах не было ни одного случая измены Родине и дезертирства.

Лично участвовал в боях с немецкими окупантами и в 1942 году на западном фронте был ранен.

За период апрель- июнь 1944 года вел решительную борьбу в районе расположения частей 6ВА с бандитскими группами "УПА". Лично неоднократно принимал участие в операциях и имел успех по задержанию важных преступников.

Своими мероприятиями способствовал командованию армии по предупреждению налетов бандгрупп на аэродромы и другие важные объекты. 

Шалыгин С.С награжден 2мя орденами Красной Звезды, медалями за "Боевые заслуги", орденом "Красного Знамени" и многими медалями.

По окончании войны коммунист- чекист Шалыгин С.С. партией и правительством был направлен на оперативную работу в Польшу в составе "Смерша" для уничтожения бандфомирований "Лесные братья".

Награжден 4-мя орденами и медалями Польской народной республики.