С началом Великой Отечественной войны Сусанна Яковлевна с группой советских психологов  под руководством Лурии работала в нейрохирургическом госпитале №3120 в поселке Кисегач Каслинского района Челябинской области. Именно здесь большая группа советских психологов вела практическую и научную работу по восстановлению трудоспособности раненых военнослужащих, получивших тяжелые черепно-мозговые травмы. Вместе с А.В.Запорожцем разработала методику восстановительной трудотерапии при ранении верхних конечностей. Рубинштейн проводила психологический анализ трудоспособности больных с различными мозговыми нарушениями. Ею было показано, что больные даже со значительными поражениями головного мозга усваивали необходимые навыки приобретения новой профессии. Опыт военного времени был обобщен С.Я. Рубинштейн в ее кандидатской диссертации «Восстановление трудоспособности у больных с военной травмой мозга» (1945).