В июне 1941 года часть, где служил радиотелеграфист Я.А. Пономарев, находилась на территории Литвы, недалеко от границы СССР. Наступление немцев было стремительным, часть Я.А. Пономарева оказалась в окружении. В августе 1941 г., пытаясь выйти из окружения, Я.А. Пономарев
попал в плен.
Бог знает, что пришлось вынести в немецком плену будущему ученому. Отношение к пленным было бесчеловечным. Яков Александрович редко говорил об этом времени, но оно, безусловно, наложило отпечаток на всю его последующую жизнь. Это и тот страшный экзистенциальный опыт, который сподвиг В. Франкла на создание его психотерапевтического направления, и стигма бывшего военнопленного, которая означала подозрительное отношение на всю оставшуюся жизнь. Эта стигма послужила причиной
того, что позднее один из самых талантливых выпускников МГУ Я.А. Пономарев, уже зарекомендовавший себя работой фактически мирового уровня, смог получить лишь место экскурсовода в Уголке Дурова.