В Красной Армии с июня 1940г. 

Вероятно, окончил ШМАС (школу младших авиаспециалистов).

В июле 1942г. в составе 6 бомбардировочного авиаполка. Полк имел на вооружении самолеты Пе-2.

30 июля 1942г. звено 1 авиаэскадрильи (3 самолета) вылетал на бомбардировку артиллерии и минометов противника в д.Выдрино и д.Телеково. Из-за низкой облачности на маршруте, звено возвратилось из района Старицы. В составе звена был экипаж: пилот сержант Волков Владимир Николаевич, стрелок-бомбардир младший лейтенант Рубан Петр Никифорович, воздушный стрелок-радист сержант Палагин Андрей Никифорович.

01 августа экипаж Волков, Рубан, Палагин в составе звена бомбардировал войска противника в пос.Опоки (г.Ржев).

10 сентября 1942г. в 07-24 группа из 9 самолетов вылетела на бомбардировку артиллерии и минометов противника в д.Шарлаево и д.Груздево. Бомбардировку группа произвела в 07-59. Над целью была атакована 17 истребителями противника. В воздушном бою были сбиты 6 истребителей, один подбит. Самолет экипажа Волков, Рубан, Палагин- был подбит. На горящем самолете пилот перетянул линию фронта. Когда стали взрываться бензобаки, дал команду экипажу- покинуть самолет. 

Андрей Никифорович, получивший ранения, был доставлен в эвакопункт ЭП 51.

Продолжил лечение в госпитале.

Вернулся в полк.

04 декабря звено Пе-2 бомбардировало узлы сопротивления и артиллерию противника в д.Бранное. В составе звена был экипаж: летчик Волков, стрелок-бомбардир сержант Горан Николай Григорьевич, воздушный стрелок-радист Палагин. Вторым вылетом бомбили район Сидорово- Софьино.

Военно-врачебной комиссий был отсранен от полетов по состоянию здоровья.

В марте 1944г. Андрей Никифорович был назначен начальником маскировочной службы 405 батальона аэродромного обслуживания.

В апреле 1945г. лейтенант Палагин был представлен к медали «За боевые заслуги». Приказом от 15 мая 1945г. награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

За долголетнюю и безупречную службу в 1950г. награжден медалью «За боевые заслуги».

В 1953г. награжден вторым орденом Красной Звезды.

Майор Палагин был уволен в запас 17 августа 1963г.