В годы Второй мировой войны В.Н. Мясищев остался в Ленинграде, пережил блокаду, руководя при этом НИИ Бехтерева, где разместил временный госпиталь.  Также служил братом милосердия в психиатрической больнице в Сиворицах Петроградской губернии, затем работал в больнице в Гатчине, служил фельдшером в селе Петроградского уезда. Мясищев занимался исследованиями морально-боевых личностных и волевых качеств бойцов и командиров совместно с другими советскими психологами (Б.М. Теплов, К.Н. Корнилов, Н.Д. Левитов, П.М. Якобсон, психологи грузинской школы).