Служил в составах 9 и 30 ближних бомбардировочных авиаполков.

К осени 1942г. в составе 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир полка майор Берман Семен Давидович, военком- батальонный комиссар Артемьев Борис Павлович).

На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, с лета 1942г.-  американские самолеты «Аэрокобра».

Федор Кузьмич в составе 2-ой авиаэскадрилья полка (командир эскадрильи старший лейтенант Колодяжный Сергей Амвросиевич). 

На базе эскадрильи была сформирована оперативная группа полка, которая действовала с оперативного аэродрома Добринка (Тамбовская обл.) в интересах Юго-Западного и Степного фронтов. В 1942г. группой руководил старший лейтенант Гаврилов Дмитрий Дмитриевич.

Экипаж самолета Пе-2: летчик старший сержант Малышев Федор Кузьмич, штурман Иванов Василий Иванович, воздушный стрелок-радист Петров Александр Васильевич. К вылетам самолет готовили: техник авиационный Фомин Иван Федорович, механик авиационный старший Солодухин Николай Павлович, механик авиационный Литовщиков Мстислав Владимирович и моторист авиационный Ладейников Иван Григорьевич 

В январе 1943г. командование полком принял подполковник Артемьев Борис Павлович.

К марту 1943г. Федор Кузьмич в составе 1-й авиаэскадрильи полка. Командир эскадрильи- капитан Плитка Григорий Саввич. Оперативная группа полка а составе 1 авиаэскадрильи базировалась на аэродроме Курск-центральный.

12 апреля 1943г. экипаж самолета Пе-2 №54: летчик старшина Малышев Федор Кузьмич, штурман старший лейтенант Федоров Сергей Ильич, воздушный стрелок-радист сержант Громков Николай Степанович- совершил разведку погоды в районах Севск- Глухов- Кролевец- Комаричи- Ворожба.

13 апреля экипаж Малышев, Федоров, Громков выполнил разведку войск противника в районах Севск- Суземка- Комаричи.

14 апреля экипаж самолета Пе-2 №54: летчик старшина Малышев Федор Кузьмич, штурман младший лейтенант Шелков Александр Григорьевич, воздушный стрелок-радист сержант Громков Николай Степанович- выполнил фотографирование обороны противника в районе Рыльск- Севск.

20 апреля экипаж Малышев, Федоров, Громков выполнил разведку войск противника в районах Крупец- Глухоа- Кролевец- Конотоп- Путивль- Ворожба. Из Ворожбы обстреляны зенитной артиллерией.

21 апреля экипаж Малышев, Шелков, Громков выполнил разведку войск противника в районах Комаричи- Брянск- Карачев.

22 апреля экипаж Малышев, Шелков, Громков на самолете Пе-2 №38 выполнил разведку войск противника в районах Брянск- Карачев- Почеп.

Вторым вылетом, на самолете Пе-2 №7 экипаж Малышев, Шелков, Громков выполнил фотографирование рубежей обороны противника на р.Ока участках Становой Колодезь- Тагино.

23 апреля экипаж Малышев, Шелков, Громков на самолете Пе-2 №7 выполнил фотографирование аэродрома противника южнее Орла.

Вторым вылетом экипаж Малышев, Федоров, Громков в 14-06 вылетел под прикрытием четверки истребителей на маршрутное фотографирование района Кромы- Орел. Группа была встречена истребителями противника. Наши истребители вступили в бой, передав по радио: «Пешка, уходи домой!».

Экипаж: младший лейтенант Малышев Федор Кузьмич, старший лейтенант Федоров Сергей Ильич, сержант Громков Николай Степанович с задания не вернулся.

В тот же день Федор Кузьмич попал в плен.

Содержался в концлагерях. Был освобожден.

Награжден медалями «За оборону Сталинграда», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».