Маланин Семён Афанасьевич родился 10 апреля 1912 года в Смоленской (сейчас Калужской) области, Куйбышевском районе, Гулическом сельсовете, на хуторе Семи-Часней. Русский. 

Срочную службу в рядах Рабоче-крестьянской Красной армии проходил в течение полутора лет с 15 сентября 1934 года. После демобилизации работал в колхозе. 

В 1939 году повторно призван в РККА Старо-Бешевским (Куйбышевским) РВК Сталинской области Украинской ССР и с 17 сентября по 5 октября 1939 года участвовал в Польском освободительном походе РККА, в результате которого восточные области Польши были присоединены к Украинской и Белорусской ССР (в качестве Западной Украины и Западной Белоруссии соответственно) и к Литовской Республике (часть Виленского края). 

С ноября 1939 года по март 1940 года участвовал в советско-финляндской войне. Штурмовал линию Маннергейма. С июня 1940 года по декабрь 1940 года служил в тыловых частях РККА. После увольнения в запас с января 1941 года по июль 1941 года работал в гражданском учреждении на хозяйственной должности. 

Активный участник Великой Отечественной войны. В июле 1941 года по мобилизационному плану развёртывания войск вновь призван в Красную армию и направлен на Волховский фронт. Воевал командиром расчёта 76-мм пушек артиллерийской батареи 857-го стрелкового полка 294-й стрелковой дивизии 54-й Армии (2-й Ударной Армии). Затем был младшим политруком взвода и политруком артиллерийской батареи. До сентября 1942 года участвовал в тяжёлых, кровопролитных боях.

 Кандидат в члены ВКП(б) с 1942 года. 

4 сентября 1942 года во время наступательных операций Волховского фронта младший политрук Маланин С.А., находившийся на должности политрука 1-й стрелковой роты 857-го стрелкового полка, получил тяжёлое ранение и был отправлен в эвакуационный госпиталь № 1970. После выздоровления, 23 ноября 1942 года прибыл в распоряжение Политуправления Волховского фронта. 

С декабря 1942 года по июнь 1943 года продолжил войну на Волховском фронте. После упразднения специальных воинских званий политработников присвоено звание «старший лейтенант». 

С июня 1943 года до апреля 1944 года служил в тыловых подразделениях РККА. 

С апреля 1944 года до 30 июля 1944 года продолжил войну на Украинском фронте в составе 958-го стрелкового полка на должности командира взвода 45-мм пушек. Выбыл из полка 30 июля 1944 года. В дальнейшем воевал в 299-й стрелковой Харьковской дивизии на должности командира отдельной зенитно-пулемётной роты. В августе 1944 года принимал участие в Ясско-Кишинёвской операции, освобождал Кишинёв. Во время Балатонской оборонительной операции в составе дивизии участвовал в отражении мощного удара вражеской группировки под н.п. Кишкорпад, нанесённого противником из района Надьбайома в направлении на Капошвар. 

Перед началом Венской стратегической операции 299-я стрелковая дивизия вошла в состав 133-го стрелкового корпуса. С 29 марта 1945 года отдельная зенитно-пулемётная рота под командованием старшего лейтенанта Маланина С.А. в составе дивизии участвовала в наступлении в направлении Надьканижи. В ночь на 31 марта 1945 года успешно форсировала безымянный канал и к исходу дня овладела населённым пунктом Шанд, а также господствующей южнее него высотой. 

30 апреля 1945 года командир отдельной зенитно-пулемётной роты 299-й стрелковой Харьковской дивизии старший лейтенант Маланин С.А. награждён орденом Красной Звезды. В представлении к награждению, подписанном Командующим артиллерией 299 сд подполковником Кашкаровым, отмечается: «старший лейтенант Маланин с начала Отечественной войны находился в рядах действующей армии. Будучи командиром орудия 76-мм пушек полевой артиллерии 857-го стрелкового полка 54-й Армии, во время наступательных операций Волховского фронта 4.09.42 под ст. Мга, старший лейтенант Маланин был тяжело ранен. За время наступательных действий дивизии с 29.03.1945 по прорыву глубоко эшелонированной обороны противника в районе Куташ-Белег и на подступах к городу Надьканижи зенитные установки ДШК в напряжённый момент боя выдвигались непосредственно в боевые порядки пехоты и успешно наносили большой урон противнику. Своим руководством ротой старший лейтенант Маланин в большой мере способствовал наступающим пехотным подразделениям и по прорыву сильной обороны немцев и овладению городом Надьканижи. 

Старший лейтенант Маланин достоин награждения Правительственной наградой орденом «Красная Звезда»». 

В апреле 1945 года освобождал Австрию. 12 мая 1945 года в городе Ландсберг встретился с солдатами 38-й Ирландской бригады союзников. 9 мая 1945 года награждён медалью «За победу над Германией». 

После разгрома фашистской Германии старший лейтенант Маланин С.А. направлен для продолжения воинской службы в Забайкальский военный округ в состав 23-го отдельного полка резерва офицерского состава 75-го стрелкового корпуса. 

9 марта 1946 года уволен из рядов Советской армии в запас в звании старшего лейтенанта. Возвратился в родные края. Женился. Воспитал трёх сыновей и дочь. 

Долгие годы, несмотря на имеющуюся инвалидность, трудился в колхозе механизатором. Во время посевных и уборочных кампаний непременно садился за руль комбайна, передавал свой опыт добросовестной работы молодым-комбайнёрам и трактористам. 

Умер Семён Афанасьевич в 1976 году. Похоронен на местном поселковом кладбище посёлка Семичастные Хутора.