В Красной Армии с 1938г.

Вероятно, окончил ШМАС (школа младших авиаспециалистов) или курсы воздушных стрелков-радистов.

Служил в составе 12 бомбардировочного авиаполка. Командир полка майор Бычков Борис Павлович.

С 25 августа по 02 сентября 1941г. полк участвовал в Иранской операции РККА.

03 сентября перебазировался на аэродром в районе г.Тбилиси.

К 12 декабря 1941г. полк перебазировался на Закавказский фронт. Участвовал в боевых операциях на Крымском полуострове в составе 134 авиадивизии дальнего действия.

В феврале 1942г. 134 авиадивизия была переименована в 113 авиадивизию дальнего действия.

К концу марта 1942г. старший сержант Ковтун совершил 10 боевых вылетов. В одном из воздушных боев был ранен в левое бедро. 

Командиром полка капитаном Яковлевым Валентином Иосифовичем был представлен к ордену Красной Звезды. Приказом от 07 июля 1942г. награжден медалью «За отвагу».

С 15 июля 1942г. личный состав полка находился в Омске, на авиазаводе №166 изучал материальную часть самолета Ту-2.

С 07 октября 1942г. по 18 января 1943г. летный состав проходил практическую программу по переучиванию на самолет Ту-2.

Вадим Григорьевич назначен помощником командира полка по воздушно-стрелковой службе. 

С 21 января по 06 февраля полк совершил перелет по маршруту Омск- Свердловск- Казань- Ярославль.

До 26 апреля экипажи отрабатывали бомбометание, воздушную стрельбу и маршрутные полеты. 

С 26 апреля по 07 мая- перелет Ярославль- Красный Кут- Невинномысск.

До 23 мая- боевая подготовка.

23 мая- перелет на аэродром Кореневская (Краснодарский край).

С 01 июня по 09 июля личный состав полка занимался командирской учебой, производил учебные вылеты на отработку техники пилотирования и бомбометания.

С 09 по 13 июля полк совершил перелет по маршруту Кореновская- Энгельс- Сушковка.

К 23 июля материальная часть 21 самолета была подготовлена к выполнению дальнейших боевых задач. 

26 июля 1943г. Вадиму Григорьевичу присвоено звание старший лейтенант.

Полк перебазировался на аэродром Ржев.

13 августа 1943г. экипаж: летчик младший лейтенант Рыбалко Иван Максимович, штурман старший лейтенант Волявский Вадим Григорьевич, стрелок-радист старший сержант Ковтун Федор Иванович, воздушный стрелок старший сержант Миненко Михаил Степанович- в составе полковой колонны из 13 самолетов, ведомой командиром полка майором Козыревым Петром Харитоновичем, бомбардировал командный пункт и войска противника в пос.Духовщина. 

14 августа экипаж Рыбалко, Волявский, Ковтун, Миненко- в составе семерки Ту-2 бомбардировал живую силу и технику противника в пос.Духовщина. Сфотографировал результат бомбардировки.

15 сентября полк закончил боевую работу на Калининском фронте.

Был выведен в резерв на подмосковный аэродром Кубинка.

Командиром полка назначен майор Васякин Марк Павлович.

К июню 1944г. полк перебазировался на ленинградский аэродром Углово. Участвовал в бомбардировке оборонительных сооружений линии Маннергейма, позиций противника в районе Выборга и на северном берегу р.Свирь в районе Лодейного поля.

09 июня 1944г. экипаж 3 эскадрильи- командир звена лейтенант Казаков Иван Никифорович, штурман звена старший лейтенант Ефремов Иван Федотович, стрелок-радист старший сержант Ковтун Федор Иванович, воздушный стрелок старший сержант Бокатов Анатолий Михайлович- должен был бомбардировать железнодорожную станцию Выборг. Из-за того, что группе не были приданы истребители сопровождения, экипаж был вынужден вернуться на свой аэродром, сбросив авиабомбы ФАБ-500 в Ладожское озеро.

10 июня экипаж в составе группы бомбардировал позиции противника в районе Валкъярви.

13 июня экипаж в составе полковой колонны бомбил железнодорожную станцию Выборг.

14 июня- укрепрайон противника у станции Мустомояки.

На 3 Белорусском- бомбардировал станцию Минск, не дав возможности противнику эвакуировать 50 эшелонов с техникой. На 1 Прибалтийском фронте полк наносил удары по войскам противника; по железнодорожным станциям Малта, Митава, Мейтене, Оига, Полин; по переправам в районах Дриса и Друя; по аэродрому Эйзере. 

17 июля 1944г. экипаж: командир звена лейтенант Казаков Иван Никифорович, штурман лейтенант Ефремов Иван Федотович, стрелок-радист старший сержант Ковтун Федор Иванович, воздушный стрелок старший сержант Бокатов Анатолий Михайлович- в 16-40 в группе вылете на бомбардировку железнодорожной станции Малта. Цель атаковал в 18-00 с высоты 1200м. Над целью огнем зенитной артиллерии был сбит. Из экипажа спасся штурман Ефремов- с ожогами попал в плен. Бежал. После госпиталя вернулся в полк.

Федор Иванович похоронен на братском воинском кладбище в пос.Розентова Резекненского р-на Латвии.