На фронт  призван в октябре 1941 года. Воевать начал вторым номером пулеметчика в 256 с.п., 30 с.д. Часть попала в окружение. Выходил из окружения голодный, обросший и вшивый. Выбравшись и попав к своим, он стал полковым разведчиком с ноября 1941 года в составе 343 стрелкового полка 32 стрелковой дивизии. Воевал на Ростовском направлении и под Сталинградом.

8 октября 1942 года был тяжело ранен. После ранения воевал в 1168 стрелковом полку 346 стрелковой дивизии, освободив Ростовскую область, форсировал р.Северский Донец. Вместе с 346 с.д. освобождал Восточный Донбасс. 346 с.д. с боями дошла до реки Молочная, где в первой декаде октября 1943 года проходили кровопролитные бои. Солдаты переправлялись на подручных средствах, а затем по пояс в холодной воде высаживались на берег. До переправы реки Молочная южнее г.Мелитополь в районе села Нового 1168 стрелковый полк под командованием подполковника И.П. Павлюченкова выбивал противника, засевшего на высоте 41.4. Высоты была взята 13 октября 1943 года. Затем стрелковый полк 1168 принимал участие в тяжелейших и кровопролитных боях за освобождение г.Мелитополь. Гитлеровцы превратили город в неприступную крепость. Бои шли 10 дней. Советские войска взяли  город 23 октября 1943 года. Американские журналисты город Мелитополь называли «маленький Сталинград».

При освобождении села Новониколаевка 25 октября 1943 года  был тяжело ранен в грудь. Проходил лечение в Мелитополе, а затем на станции Орск. А уже в январе 1944г. в составе 566 стрелкового полка, 153 стрелковой дивизии, 2-го Белорусского фронта участвовал в освобождении Белоруссии. Эта операции называлась «Багратион», которая началась 23 июня 1944г. с форсирования реки Днепр. Главный удар операции – города Могилев, Минск, Гродно. Потом  участвовал в форсировании рек Днепр, Березина и Неман. За форсирование реки Днепр был представлен к званию Героя Советского Союза, но причину, по которой он так и не получил звание Героя не известна. За освобождение Белоруссии был награжден тремя медалями «За отвагу», значком «Отличный разведчик», благодарностью И.В. Сталина «За форсирование р.Днепр и освобождение г.Гродно».

Кчергин Алексей Андреевич дошел до границы с Польшей. По заданию командования в начале ноября  1944 года разведчики устанавливали на польской границе пограничные столбы. Алексей Андреевич был замыкающим и при отходе, когда скакал на лошади по мосту, снаряд разорвался перед ним, и он вместе с лошадью упал в реку, при падении выбил себе много зубов. После освобождения польского города Августов был ранен в ногу. Лежал в госпитале в городе Гродно. Гангрена ноги не позволила дальше воевать, и в конце ноябре 1944 года был комиссован.

Вернулся с войны инвалидом 2-ой группы. За время участия в боевых действиях с 1941-1944гг. был пять раз ранен, в том числе тяжело в грудь и получил контузию. Был награжден послевоенной наградой «За победу над Германией» и «Двадцать лет победы в Великой Отечественной Войне 1941-1945 гг.».