С 29 ноября 1941г. служил в должности политрука пересыльного пункта на станции Алексеевка (Юго-Западный фронт).

С 31 января 1942г. политрук роты лыжников отдельного лыжного батальона Юго-Западного фронта.

С 29 мая 1942г. политрук роты 406 стрелкового полка 124 стрелковой дивизии.

С 12 июня 1942г. военком маршевой роты 178 армейского запасного стрелкового полка 38 армии.

06 июля полк получил приказ на передислокацию из с.Ровеньки (вероятно, Белгородская обл.) на хутор Химчинково. В пути следования, в районе д.Писаревка Кантемировский р-н, Воронежская обл.) встретился с разведывательными и передовыми частями противника. Заняв оборону учебным и 1 стрелковым батальоном, полк в течение дня вел бой. Невооруженные подразделения полка, разбившись на мелкие группы, отходил к переправам. В бою погибли 13 человек, 15 были ранены. К 11 июля из 7190 человек списочного состава, в полку находились 763 человека.

Политрук Хоменко числился пропавшим без вести. 

Вышел из окружения.

19 ноября 1942г. из 188 спец.лагеря НКВД прибыл в 42 запасную стрелковую бригаду. 

Заместитель командира роты по политчасти 380 запасного стрелкового полка 42 запасной стрелковой бригады 10 февраля 1942г. направлен в 76 учебный полк автоматчиков.

18 марта 1943г. присвоено звание лейтенант.

09 июня 1943г. передан на командную работу.

15 января 1944г. прибыл в составе 148 отдельного саперного батальона.

К июлю 1944г. лейтенант Хоменко командир взвода 148 отдельного саперного батальона 128 стрелковой дивизии.

Под огнем противника, в ночь с 20 на 21 июля перед началом наступления 374 стрелкового полка, руководил снятием наших минных полей. Пехота прошла через проделанные проходы без единой потери.

К 09-00 22 июля полк очистил восточную часть г.Псков и вышел к берегу р.Великая.

На берегу реки, под огнем противника,  Григорий Кондратьевич руководил работами по сборке плотов. Когда неподалеку вражеский снаряд взорвал постройку, и один из кирпичей ударил  лейтенанта, нанеся сильный ушиб, он остался на берегу и продолжал руководить работами. Собрав плот, вместе с двумя бойцами переправил первую пушку.

К 03-00 23 июля Псков был очищен от врага. К исходу дня части дивизии вышли к границе с Эстонией.

Приказом от 06 августа 1944г. лейтенант Хоменко был награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалью «За оборону Ленинграда».

В начале сентября дивизия занимала оборону в районе г.Тарту.

04 сентября 1944г. с двумя саперами, умело маскируясь, ползок пробрался к месту, по которому курсировали немецкие танки. Саперы установили 3 противотанковые мины. Один из танков, совершая очередной заход, подойдя к месту установки мин, подорвался. Другие танки открыли огонь, пытаясь уничтожить сапер, но те сумели вернуться к своим позициям без потерь.

Приказом от 15 октября 1944г. лейтенант Хоменко был награжден орденом Отечественной войны II степени.

С января 1945г. дивизия участвовала в Сандомиро-Силезской операции. 

Взвод лейтенанта Хоменко вел инженерную разведку в полосе наступления дивизии.

Взводом была вскрыта система минных полей противника у г.Бриг (пол. Бжег). При штурме города саперы действовали в составе танкового десанта, расчищая завали и баррикады, ведя  с брони огонь по окнам домов, где находились солдаты противника. Саперы очистили от противника около 20 зданий.

На берегу р.Гросс Лое в районе г.Требник, под огнем противника, умело маскируясь, лейтенант Хоменко, пробираясь вдоль берега, обнаружил штурмовой мостик. Получив ранение, сумел вернуться и доложить результаты разведки. Наша пехота по мостику смогла переправиться на противоположный берег и захватить плацдарм. 

Приказом от 24 марта 1945г. Григорий Кондратьевич был награжден орденом Отечественной войны I степени.

Уволен в запас 28 декабря 1945г.