Вероятно, окончил ШМАС (школа младших авиаспециалистов).

Участник Советско-финляндской войны (вероятно, в составе 54 скоростного бомбардировочного авиаполка).

21 марта 1940г. полк был награжден орденом Красного Знамени.

В конце марта полк перебазировался в Могилев.

Указом Президиума ВС СССР от 07 апреля 1940г. младший командир Гапонов был награжден медалью «За боевые заслуги».

В июле полк перебазировался на аэродром Мачулище, затем, на аэродром Вильно (Вильнюс).

К началу войны полк имел на вооружении самолеты СБ, Ар-2 и Пе-2.

22 июня 10 самолетов СБ вылетели на бомбардировку аэродрома Гумбинен. Из-за мощного противодействия зенитных средств задачу выполнить не удалось. В 11-40 вылетели 8 самолетов. В 16-10 2 самолета СБ выполняли разведку района Порубанок, на поиск высадившегося немецкого десанта. В 16-20 один самолет был подбит и сел в районе Рудники. В 17-45 2 самолета вылетели на разведку в район Ораны, Алитус.

25 июня 3 самолета вылетели на выполнение боевого задания. В районе Людовно лейтенант Червичкин сбил самолет противника. Всего за день совершено 49 самолетовылетов.

Страница с описанием боевой работы 26 июня в электронном виде отсутствует. 

27 июня 8 самолетов полка перебазировались на аэродром Идрица. Экипажи вели разведку в районах Борисов, Минск, Двинск. Вечером 4 экипажа атаковали аэродром Двинск (Даугавпилс).

К 13 июля в полку остался один неисправный самолет.

15 июля личный состав перебазировался в Калинин. Затем, вероятно, в Балашов.

Полк получил пополнение личного состава. Был вооружен самолетами Пе-2 и Пе-3.

С 30 октября полк начал перебазирование из Балашова в Подмосковье.

05 ноября прибыл на аэродром Монино, вошел в состав 60 смешанной авиадивизии. Одна из эскадрилий полка вела тренировки, готовясь к участию в воздушной части парада в честь 24-й годовщины Великого Октября. 07 ноября из-за плохих погодных условий воздушная часть парада была отменена.

Командование полка вело поиск подходящей площадки для базирования полка.

25 ноября группа командира 1 авиаэскадрильи капитана Живагина Владимира Захаровича в составе 7 самолетов перелетела на аэродром Добрынск. 13 самолетов из-за плохих метеоусловий остались в Монино.

27 ноября с аэродрома Монино полк экипажами 2 авиаэскадрильи и звеном 1 авиаэскадрильи произвел 23 самолетовылета на уничтожение танков и мототехники противника в районе Яхромы. С задания не вернулся экипаж Карабутова Георгия Семеновича

28 ноября полк действовал 12-ю самолетами в районе Солнечногорск- Дубинино. Группа капитана Живагина перебазировалась на аэродром Монино.

К 05 января 1942г. полк перебазировался на аэродром Липецы. Входил в состав 60 смешанной авиадивизии.

04 февраля полк вошел в состав ВВС 50 армии. Получил команду- боевых вылетов не производить до особого распоряжения. Личный состав приступил к боевой подготовке.

24 февраля полк передан в состав ВВС 50 армии.

20 мая личный состав погрузился на станции Калуга.

29 мая прибыл в Казань в 9 запасной авиаполк.

20 июня переброшен на аэродром Самосырово в 1 эскадрилью 9 запасного авиаполка. Приступил к переучиванию на самолет Пе-2.

К началу февраля 1943г. полк был укомплектован личным составом. Под командованием майора Кривцова Михаила Анатольевича 12 экипажей перелетели на аэродром Лебедянь. Полк вошел в состав 301 бомбардировочной авиадивизии.

С 08 марта приступил к боевой работе на Брянском фронте в районах Малоархангельское. Красно-Серговское, Дубровка, Шепелово, станция Комаричи.

09 марта экипаж Степана Мартыновича участвовал в бомбардировке укреплений противника в районе Усово. При налете немецких истребителей- стрелок-радист старшина Гапонов огнем пулемета отразил все атаки.

Приказом от 22 апреля 1943г. был награжден медалью «За отвагу». 

29 марта полк передислоцировался с аэродрома Старый Хутор на Донков 1-ый.

09 мая 1943г. экипаж командира эскадрильи капитана Гурова Ивана Васильевича в 05-55 с высоты 1000м. бомбардировал железнодорожный перегон  Знобь- Васильевка. После выполнения задания, преследуемый истребителями противника, ушел в облачность. В районе станции Знобь (Знобь-Новгородское, Сумская обл.) был по ошибке сбит партизанами. Капитан Гуров и штурман старший лейтенант Бабкин Сергей Максимович погибли. Стрелок-радист старшина Гапонов Степан Мартынович получил тяжелые ожоги лица и кистей рук.

До 28 июня 1943г. находился на излечении в эвакогоспитале ЭГ 1145, до 31 августа в ЭГ 3778, до 20 октября в ЭГ 3891, до 17 июня 1944г. в ЭГ 3776, до 12 октября 1944г. в ЦИТО (Центральный институт травматологии и ортопедии).

Старшина Гапонов вернулся в полк.

За годы войны совершил 23 боевых вылета. Приказом от 22 мая 1945г. был награжден орденом Отечественной войны I степени.

Награжден медалями «За оборону Москвы», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».