На войну в Красную (советскую) армию его призвали в 1942 году. Сначала он доблестно воевал в 955м стрелковом полку 309й стрелковой дивизии Воронежского фронта в звании старшины роты автоматчиков.
28 июля 1943 г. был награжден боевой медалью «За боевые заслуги» и ему было присвоено звание Гвардии старшина. В наградном приказе был описан один из его геройских  подвигов со слов его командира, а именно:
- «за то, что он весь период боевых действий под ураганным огнем противника своевременно и в достаточном количестве снабжал роту боеприпасами, а также горячей пищей и водой».
Последний героический подвиг за который он был посмертно награжден орденом Великой Отечественной войны описан в наградном приказе:
- В бою с немецкими захватчиками с 21 по 31 августа 1944 г. проявлял мужество и отвагу. 22 августа 1944 г. в районе села Лунчань, будучи десантником на танке, товарищ Чистяков ворвавшись в оборону противника из автомата уничтожил 15 немецких солдат и офицеров, был награжден Орденом Славы III степени.
 В районе Текучи-Ноутов уничтожил до 20 немецких солдат и офицеров. Вынес и оказал медицинскую помощь 8 раненным бойцам и командирам из под обстрела противником с воздуха. 11 сентября 1944 г.  при контратаке противником уничтожил до 10 солдат противника, а сам погиб смертью Героя.
Чистяков Петр Семенович погиб в сентябре 1944 г. в звании Гвардии старшины роты автоматчиков 5 гвардейского танкового Сталинградско -Киевского корпуса 2 Украинского фронта, совершив героический подвиг, освобождая от фашистов румынский город Турда, в окрестностях которого его похоронили в братской могиле.