К июню 1942г. в составе 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир- майор Берман Семен Давидович, военком- батальонный комиссар Артемьев Борис Павлович). На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, впоследствии,  американские самолеты «Аэрокобра».

Геннадий Игнатьевич был зачислен к состав 2-ой авиаэскадрильи полка (командир эскадрильи старший лейтенант Колодяжный Сергей Амвросиевич).

На базе эскадрильи была сформирована оперативная группа полка, которая действовала с оперативного аэродрома Добринка (Тамбовская обл.) в интересах Юго-Западного и Степного фронтов. В 1942г. группой руководил старший лейтенант Гаврилов Дмитрий Дмитриевич.

Евгений Николаевич был награжден медалью «За оборону Сталинграда».

В январе 1943г. командование полком принял подполковник Артемьев.

В 1943г. полк участвовал в Курской битве, вел разведку в Сумской, Полтавской, Харьковской, Киевской областях.

17 июня 1943г. полк был преобразован в 98 отдельный гвардейский разведывательный авиаполк. 

В 1944г. полк вел разведку в Львовской, Житомирской, Тернопольской, Брестской областях, в Польше.

05 октября 1944г. командиром полка был назначен гвардии подполковник Звонцов Федор Федорович.

К ноябрю 1944г. старший фотолаборант гвардии старший сержант Бородушкин обработал 1500 аэрофотофильмов и 15000 отпечатков.

Приказом от 03 ноября 1944г. был награжден медалью «За боевые заслуги».

В 1945г. полк вел разведку оборонительных рубежей и передвижения войск противника в Польше, Чехословакии и Германии.

Приказом от 12 мая 1945г. гвардии старший сержант Бородушкин был награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалями «За освобождение Праги», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.