В 1939г. окончил среднюю школу с.Петровское.

С 21 ноября 1939г. курсант 6 авиаэскадрильи Харьковского военного авиационного училища летнабов и штурманов.

23 января 1940г. принял военную присягу.

28 ноября 1940г., по окончанию училища, присвоено звание младший лейтенант. Назначен младшим летнабом (летчиком-наблюдателем) 315 разведывательного авиаполка.

С июля 1942г. курсант Военного авиационного училища разведчиков ВВС Красной Армии (ВАУР), г.Давлеканово (Башкирия).

К февралю 1944г. летнаб 47 отдельного гвардейского разведывательного авиаполка. На вооружении полк имел самолеты Пе-2 и Пе-3. Командир полка- гвардии полковник Тюрин Трофим Романович.

К 06 июля 1944г. совершил 10 успешных боевых вылетов на разведку в районы Могилев, Минск, Бобруйск, Лида, Шклов и др. Был представлен к ордену Красной Звезды. Приказом от 21 июля 1944г. награжден орденом Славы III степени.

19 июля 1944г. присвоено звание лейтенант. 

К сентябрю 1944г. выполнил еще 15 боевых вылетов в районы Кенигсберг, Ковно, Шауляй, Тильзит, Сувалки, Мемель, Рига и др.

Был представлен к ордену Красного Знамени. Приказом от 13 декабря 1944г. гвардии лейтенант Бородаенко награжден орденом Отечественной войны I степени.

К концу января 1945г. Николай Алексеевич совершил еще 25 успешных боевых вылетов в районы Кенигсберг, Лодзь, Инстербург, Торн, Познань, Данциг, Гдыня, Эльбинг и др.

Приказом от 22 февраля 1945г. был награжден орденом Красного Знамени.

06 марта 1945г. с боевого задания не вернулся экипаж: летчик гвардии старший лейтенант Рыжков Павел Васильевич, летнаб гвардии лейтенант Бородаенко Николай Алексеевич, начальник связи эскадрильи гвардии старшина Андреев Мартын Петрович.