В ноябре 1941 года был призван в ряды Советской Армии. Рядовым пехотинцем участвовал в боях против фашистских захватчиков на Калининском фронте.

В марте 1943 года в бою под г. Великие Луки получил тяжелое пулевое ранение. До февраля 1944 года, в течение одиннадцати месяцев, находился на лечении в госпитале. После чего командованиенаправило Евстигнея Сафоновича в Киевское Краснознаменное военно-пехотное училище им. Верховного Совета СССР. По окончании училища в январе 1945 года ему было присвоено офицерское звание - младший лейтенант.

В декабре 1945 года Е.С. Болонев был демобилизован в запас. За участие в Великой Отечественной войне 1941-1945 годов, за стойкость и мужество, проявленное в боевых действиях в ноябре 1945 года, был награжден медалью "За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941 - 1945 годов".