28 июня 1941г. направлен в составе команды военнообязанных призванных по мобилизации Коробовским райвоенкоматом в райвоенкомат г.Александров на формирование команды 1206.

Судя по имеющимся документам, большинство военнослужащих этой команды были направлены пополнением в 13 отдельный плотничный батальон. Командир батальона военинженер 2 ранга Сосновкин Виктор Иванович.

Батальон входил в состав 31 армии. Во второй половине октября вместе с другими нашими частями отходил от Ржева.

Был передан в состав отдельной мотострелковой бригады 29 армии. Командир бригады комбриг Рыжков Афанасий Николаевич, 

В конце октября командование 31 армии просило вернуть в его распоряжение 13 отдельный плотничный батальон, но Афанасий Николаевич отказал в передаче батальона до окончания выполнения боевой задачи.

В ноябре военным комиссаром бригады назначен батальонный комиссар Черноземов Андрей Денисович.

Во второй половине ноября 1941г. бригада вошла в подчинение командования 22 армии. 

С 22 ноября 1941г. бригада занимала оборону на рубеже Елизаветино- Копыряне- Иванково- Бибиково (Торжокский р-н, Тверская обл.)

23 ноября 1941г. с 06-40 до 10-00 разведподразделение бригады- 1 мотострелковый полк, 13 отдельный плотничный батальон и разведрота бригады провели разведку боем в д.Копыряне. Были подорвано 7 ДЗОТов, сожжено 8 домов и 3 сарая с блиндажами под ними, уничтожены 2 станковых пулемета, 2 малокалиберных орудия и свыше 100 солдат и офицеров противника.

13 отдельный плотничный батальон понес большие потери.

В начале декабря 1941г. бригада была переформирована в 247 стрелковую дивизию.

13 отдельный плотничный батальон  переформирован в отдельный саперный батальон дивизии.

С 13 декабря 1941г. части дивизии вели наступление в полосе от деревень Пасынково и Горохово (Калининский р-н, Калининская обл.), далее, на д.Игнатово. Комбат Сосновкин, командуя сводным отрядом сапер, в бою за Игнатово был ранен.

Дивизия в составе армии продолжала наступать вдоль южного берега Волги.

К 24 декабря 1941г. дивизия вела бои за г.Старица. 01 января 1942г. город был освобожден. Дивизия продолжила наступление во втором эшелоне армии в направлении г.Зубцов. С 12 по 28 января вела безуспешные бои за деревни Кромзино (Карамзино) и Троицкое. 

После войны жена Егора Егоровича делал запрос о его судьбе. Заключением военного комиссара Коробовского района красноармеец Агафонов считался пропавшим без вести с февраля 1942г. Управление по учету потерь изменило дату апрель 1942г.