Принимал участие в Великой Отечественной войне с декабря 1942 года.

К лету 1944 года старший лейтенант Афанасьев командовал ротой 51 гвардейской танковой бригады 6-го гвардейского танкового корпуса 3-й гвардейской танковой армии 1-го Украинского фронта.

" В бою под городом Львов, его рота  наступая на деревню Вислобоки, умело маневрируя, вышла в фланг противнику. Фашисты оказались под угрозой окружения. В этом бою сам товарищ Афанасьев, действуя исключительно смело, подбил одну пушку, один бронетранспортер и уничтожил до 20 гитлеровцев. При обходном маневре в районе города Львов, его подразделение перерезав железную и шоссейну дороги на Львов - Перемышль, дерзким налетом заняло железно дорожную станцию Судовая Вишня и захватило два эшелона с военным имуществом и громаднейший склад горюче смазочных материалов.

 В боях за город Перемышль его рота, следуя примеру командира, была образцом храбрости и мужества. Выйдя  на берег реки Висла рот Я.И. Афанасьева форсировала реку и в районе Турска Мель обеспечила переправу остальных частей и подразделений. В этот день машина товарища Афанасьева дважды загоралась от огня авиации противника. Рискуя жизнью он тушил пламя и спасал машину, продолжая бой. (архив МО ССС оп 793756 дело 3 лист 215) Источник информации: "Золотые Звезды Курян издательство ЦЧЗ. Воронеж 1966 г. стр. 133

За беззаветную отвагу и мужество, проявленные в боях за города Львов и Перемышль при форсировании реки Вислы, указом Верховного Совета СССР от 23 сентября 1944 года командиру танковой роты гвардии старшему лейтенанту 6-го танкового Киевского Краснознаменного Ордена Богдана Хмельницкого 2 т. корпуса  присвоено звание    Герой Советского Союза  с вручением Орден Ленина и медали «Золотая звезда». Операция Львовско-Сандомирская наступательная операция (операция 6-го удара) 

 Дата подвига 13.07.1944 - 30.08.1944 Номер фонда 33 Номер описи 793756 Номер дела 3 номер записи 150001265 Архив ЦАМО