На фронте с первых дней войны.

29 июля 1941г. был тяжело ранен в рагйоне г.Починок (Смоленская обл.).

В августе 1942г. старший лейтенант Варнваский адъютант старший 95 моторизованного стрелково-пулеметного батальона 95 танковой бригады 9 танкового корпуса.

К 15 августа бригада на марше в район станции Сухиничи.

19 августа бригада вступила в бой с противником в районе  д.Алешинка (Сухиничский р-н). Отбросив противника, перешла к обороне, организовала засады.

20 августа противник 9 раз бомбил позиции мотострелково-пулеметного батальона. Благодаря хорошей маскировке и окапыванию, потерял одного человека убитым и 12 ранеными.

21 августа с 12-00 батальон вел бой с полком немецкой 19 танковой дивизии. Атака батальона не была поддержана огнем артиллерии 326 стрелковой дивизии, о чем была договоренность. К исходу дня, понеся  потери: убито 37 человек, ранено- 54, пропали без вести- 28, батальон занял опушку леса южнее Алешинка и закрепился на новых позициях.

22 августа в 07-30 капитан Огурцов собрал руководство батальона для постановки боевой задачи. Прямым попадание снаряда были убиты 6 человек (среди них- командир батальона Огурцов Николай Никонович), тяжело ранены-3. Из командиров рот в строю остался только один офицер. Командование батальном было возложено на старшего лейтенанта Варнавского. В помощь ему был направлен офицер связи штаба бригады старший лейтенант Ермоленко Иван Яковлевич.

28 августа батальон форсировал р.Жиздра и занял исходные позиции у д.Поляна. В районе д.Кутьково батальон попал под ураганный огонь противника.

29 августа батальон продолжил бои за д.Кутьково. Василий Афанасьевич был ранен. Политрук 2 стрелковой роты батальона сержант Маркин Виктор Иванович оказал командиру первую помощь и вынес его с поля боя.

К декабрю 1942г. капитан Варнавский вернулся в бригаду. Назначен офицером связи штаба бригады.

12 декабря 1942г. представлен к ордену Красного Знамени. приказом от 12 февраля 1943г. награжден орденом Отечественной войны I степени.

09 февраля 1943г. был тяжело ранен.

В конце 1943г. направлен в 25 гвардейскую танковую бригаду 2 гвардейского танкового корпуса.

К марту 1944г. заместитель командира по строевой части 3 танкового батальона.

С 23 июня бригада вела бои на Оршанском направлении (3 Белорусский фронт).

02 июля 1944г. под Минском колонна автомашин бригады была атакована ротой пехоты противника при поддержке 4 «Тигров». Василий Афанасьевич со взводом танков был направлен в помощь колонне. Прибыв к месту боя, организовал оборону и приступил к уничтожению противника. В бою были разбиты 2 «Тигра», истреблено до 90 гитлеровцев.

11 июля 1944г. гвардии капитан Варнавский был представлен к ордену Красного Знамени. приказом от 12 августа 1944г. награжден вторым орденом Отечественной войны I степени.

После освобождения Мнска бригада вела наступление в направлении Вильнюса.

К октябрю 1944г. Василий Афанасьевич- командир 3 танкового батальона бригады.

Бригада вела бои в Восточной Пруссии. 3 батальон составлял головной отряд бригады. В первый день наступления батальон захватил переправы на реках Писса и Роминте и оборонительный узел Кассубен.

В последующих боях батальон овладел крупным узлом сопротивления в районе Буджеджен, создав возможность для бригады выйти к г.Гуммбинен (совр. г.Гусев, Калининградская обл.). 

Приказом от 06 ноября 1944г. гвардии капитан Варнавский был награжден орденом Красного Знамени.

С 29 ноября 1944г. батальон занимал оборону западнее г.Кибартай (Литва).

В первых числах января в батальоне были проведены ночные учения. На вооружении батальона стояли 21 танк т-34.

С 16 января батальон перешел в наступление. В первый день потерял подбитыми 5 танков, сгоревшими- 7. Убитыми 36 человек, ранеными 17. 

Гвардии майор Варнавский погиб 18 января 1945г. Был похоронен на кладбище советских воинов в г.Кибартай, Литва.