Весной 1943г. находился в 15 отдельном разведывательном запасном авиационном полку (г.Петровск, Саратовская обл.), проходил подготовку по курсу разведывательной авиации. К 21 мая обучение было окончено. В составе 511 отдельного разведывательного авиаполка со 2 по 4 июня перебазировался на аэродром Воронеж. Полк вошел в состав 5 воздушной армии.

К июлю 1943г. младший лейтенант, летчик  511 отдельного разведывательного авиаполка (командир полка- майор Бабанов Анатолий Александрович).

19 июля 1943г. полк приступил к выполнению боевых задач по воздушной разведке с аэродрома Чернянка. Вел разведывательную работу в интересах войск Степного фронта. С 03 по 18 августа участвовал в Белгородской операции.

06 августа 1943г. в районе Микояновка на высоте 3500м. экипаж: летчик мл.лейтенант Рогожкин Сергей Константинович, штурман мл.лейтенант Гончарук Василий Федосеевич и стрелок радист ст.сержант Ефимов Георгий Афанасьевич был атакован 12 истребителями Ме-109 (Мессершмитт), сопровождавшими 10 бомбардировщиков Ju-88 (Юнкерс), Атаки производились справа, слева и сверху. Штурман и стрелок огнем из пулеметов и авиационными гранатами АГ-2 сбили два истребителя. Командир экипажа уходом в облачность ушел от преследования и благополучно вернулся на свой аэродром. Самолет Пе-2 имеет мелкие повреждения.

На 15 августа полк дислоцировался на аэродроме Яблоново,  участвовал в Харьковской операции.

К 14 сентября 1943г. Сергей Константинович произвел 17 боевых вылетов, представлен к ордену Красного Знамени, награжден, согласно приказу от 18 ноября 1943г.

К октябрю полк перебазировался на аэродром Полтава, в декабре- Кременчуг, затем- Умань и Тростянец.

В конце марта 1944г. командиром полка назначен подполковник Берман Семен Давидович.

К 15 апреля 1944г. лейтенант Рогожкин- командир звена, совершил еще 9 успешных боевых вылетов. Приказом от 05 июня 1944г. награжден орденом Отечественной войны I степени.

К 11 сентября 1944г. старший лейтенант Рогожкин совершил еще 30 результативных боевых разведывательных вылетов, 14 из которых в Ясско-Кишеневскую операцию, представлен ко второму ордену Красного Знамени, приказ о награждении подписан 06 ноября 1944г.

17 сентябьря 1944г. экипаж в составе: командир старший летчик лейтенант Рогожкин Сергей Константинович, штурман старший лейтенант Набоков Георгий Евграфович, стрелок-радист  ст.сержант Петушков Александр Иванович выполнил фотографирование железнодорожной станции Апахида.

21 сентября 1944г. в период с 16-44 до 18-10 экипаж Рогожкин- Набоков- Петушков выполнял боевое задание по фотографированию с высоты 4000м оборонительного рубежа противника  на участке Герла- Клуж- Хуедин. На всем участке подвергался обстрелу зенитной артиллерии. Из-за повреждения хвостового оперения обратный маршрут пришлось выполнять со снижением. В районе Вэлишоара на высоте 1500м. самолет был атакован двумя истребителями FW-190 (Вокке-Вульф). Атаки производились одновременно слева-сзади с открытием огня с дистанции 600-500 метров. После третьей атаки самолет загорелся. Летчик пытался дотянуть до линии фронта и, только когда невозможно стало продолжать полет на горящем самолете, подал команду экипажу- оставить боевую машину. Из-за низкой высоты, штурман и воздушный стрелок разбились. Парашют летчика зацепился за крону дерева, и он остался жив, имея ожоги лица и ушиб ноги.

20 марта 1945г. экипаж в составе: летчик ст.лейтенант Рогожкин Сергей Константинович, летчик-наблюдатель лейтенант Саутин Павел Тимофеевич, стрелок-радист ст.сержант Крутько Павел Никифорович, при перелете линии фронта на высоте 3500м в районе Мор- Водайк, обнаружил сзади-слева на дистанции до 900м четыре истребителя FW-190 (Фоккер-Вульф), которые сблизившись до 600м, начали заходить в атаку. Три истребителя атаковали слева-сверху-сзади, четвертый сзади-снизу. Огнем пулеметов летнаба и стрелка и гранатами АГ-2 атаки были отбиты. Летчик маневром и резким пикированием оторвался от преследования и ушел на свою территорию.

01 апреля 1945г. экипаж Рогожкин, Саутин, Крутько получил задачу- произвести разведку войск противника с фотографированием аэродромной сети в районе Шопрон- Нинер- Нойштадт- Парндорф. На основе ранее полученных разведданных о расположении аэродромов и средств ПВО противника, экипаж принял решение производить разведку выходом на юго-восток в сторону Брук. Благодаря хорошей подготовке, экипаж отлично выполнил задание, не встретив противодействия со стороны истребительной авиации и зенитных средств противника. Установлено расположение 650 автомашин, 76 железнодорожных составов и 2 эшелонов, 1875 вагонов, 314 самолетов.

09 мая экипаж Рогожкин, Саутин, Крутько производил фоторазведку района Йиглава, Часлав, Блашим, Тельч. С высоты 3500м. экипаж успешно выполнил задачу. По дешифрованным данным установлено: 966 автомашин, 22 состава, 76 самолетов.

За годы войны совершил 94 успешных боевых вылета. Приказом от 16 июня 1945г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

Награжден медалями «За взятие Вены», «За взятие Будапешта», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

В 1950г. награжден медалью «За боевые заслуги», в 1956г.- орденом Красной Звезды.

Службу окончил: 30.12.1957г. капитан.