Возобновил генетические исследования, начатые до войны в Институте Экспериментальной Биологии. Открыл химический мутагенез, но по постановлению сессии ВАСХНИЛ в 1948 г. генетика была запрещена. И.А. Рапопорт - единственный учёный, выступивший на сессии против запрета генетики, за что был изгнан из партии и из института с запретом работать по специальности. В 1957 г. был принят в Институт химической физики АН СССР. В начале 60-х гг. обсуждалось возможное присуждение Нобелевской премии И.А. Рапопорту и Ш. Ауэрбах за открытие химического мутагенеза - наследственных генетических изменений (мутаций) под действием химичеких соединений. Помня трагическую историю с присуждением Нобелевской премии поэту Б.Л. Пастернаку, Швеция заранее запросила согласие руководства СССР. Но Академия наук не номинировала поэта, поскольку он отказался подать заявление на вступление в партию. В 19705 г. награждён Орденом Трудового Красного Знамени. В 1979 г. избран чл.-корр. АН СССР. В 1984 г. присуждена Ленинская премия. В конце 1990 г. ему присвоено звание Героя Социалистического Труда.